В 1478 году молодой Леонардо пометил в бумагах, что начал «две Девы Марии»; одной из них считают эту картину. Юная, почти девочка, Мария смеётся и протягивает младенцу цветок — вместо торжественной иконы вышла домашняя сцена, и именно это поразило современников. Композицию ещё при жизни Леонардо повторяли десятки итальянских и нидерландских мастеров.

В России картина объявилась в XIX веке у астраханских купцов Сапожниковых — как она к ним попала, доподлинно неизвестно. Мария Сапожникова, в замужестве Бенуа, жена придворного архитектора Леонтия Бенуа, в 1914 году продала её Императорскому Эрмитажу. С тех пор «Мадонну с цветком» во всём мире называют «Мадонной Бенуа».