Мане написал «Флейтиста» после поездки в Мадрид в 1865 году, где в Прадо увидел парадные портреты Веласкеса. Позировал ему безымянный юный музыкант оркестра императорской гвардии, которого прислал знакомый офицер.

Салон 1866 года картину не принял, и Эмиль Золя ответил на это серией статей в газете «Эвенман». В 1867 году Мане показал её на собственной выставке рядом со Всемирной, где пресса её высмеяла. Позже картиной владел певец Жан-Батист Фор, в 1911 году она поступила в Лувр из собрания графа Исаака де Камондо, а с 1986 года хранится в Музее Орсе.