Крошечный тондо написан в Перудже, вероятно незадолго до переезда Рафаэля во Флоренцию. Около 1600 года он принадлежал перуджинской семье Альфани, позже — графам Конестабиле делла Стаффа, чьё имя и закрепилось за картиной.

В 1860-е годы её хотела купить Лондонская национальная галерея, но картину приобрёл Александр II для императрицы Марии Александровны. В 1871 году живопись перевели с доски на холст, а в 1880 году «Мадонна Конестабиле» поступила в Эрмитаж.