Картина написана в середине 1590-х годов, когда молодой Караваджо работал в Риме для узкого круга знатоков. Её первым владельцем был маркиз Винченцо Джустиниани. Известен и второй авторский вариант, написанный для кардинала дель Монте; сейчас он в частном собрании.

В 1808 году коллекцию Джустиниани распродавали в Париже, и «Лютниста» купили для Александра I. С тех пор картина в Эрмитаже — это одна из очень немногих работ Караваджо в России.